Identification of a new methylation site in the Sept9 promoter region for the diagnosis of hepatocellular carcinoma

N. L. Lazarevich; Лазаревич Н. Л.; P. M. Abramov; Абрамов П. М.; M. D. Fedorova; Федорова М. Д.; I. F. Kustova; Кустова И. Ф.; D. A. Shavochkina; Шавочкина Д. А.; A. N. Katargin; Катаргин А. Н.; N. P. Kisseljova; Киселева Н. П.; N. A. Dyakova; Дьякова Н. А.; I. V. Botezatu; Ботезату И. В.; V. N. Kondratova; Кондратова В. Н.; N. E. Kudashkin; Кудашкин Н. Е.; Yu. I. Patyutko; Патютко Ю. И.; A. V. Lichtenstein; Лихтенштейн А. В.; S. V. Vinokurova; Винокурова С. В.

doi:10.17650/2313-805X-2019-6-4-26-37

Идентификация нового сайта метилирования в промоторном районе гена Sept9 для диагностики гепатоцеллюлярной карциномы

Авторы: Лазаревич Н.Л.¹^,2, Абрамов П.М.¹, Федорова М.Д.¹, Кустова И.Ф.¹, Шавочкина Д.А.¹, Катаргин А.Н.¹, Киселева Н.П.¹, Дьякова Н.А.¹, Ботезату И.В.¹, Кондратова В.Н.¹, Кудашкин Н.Е.¹, Патютко Ю.И.¹, Лихтенштейн А.В.¹, Винокурова С.В.¹
Учреждения:
1. ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н. Н. Блохина» Минздрава России
2. ФГБОУ ВО «Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова»
Выпуск: Том 6, № 4 (2019)
Страницы: 26-37
Раздел: ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
Статья опубликована: 15.12.2019
URL: https://umo.abvpress.ru/jour/article/view/239
DOI: https://doi.org/10.17650/2313-805X-2019-6-4-26-37
ID: 239

Цитировать

Полный текст

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

Введение. Ежегодно во всем мире от гепатоцеллюлярной карциномы (ГЦК) умирают более 600 тыс. человек. Заболевание часто выявляется на поздних стадиях и во многих случаях является некурабельным. Ранняя диагностика и мониторинг развития рецидивов ГЦК продолжают оставаться существенной проблемой клинической онкологии. Это определяет актуальность поиска высокочувствительных и специфичных биомаркеров для неинвазивной диагностики ГЦК.

Цель исследования – идентификация гиперметилированного при ГЦК локуса в промоторном районе гена септин 9 (Sept9) на основании анализа общедоступных данных метиломных исследований; экспериментальная валидация метилирования на пилотной панели парных клинических образцов пациентов с ГЦК, а также образцов ткани пациентов с доброкачественными опухолями печени и лимфоцитов здоровых доноров.

Материалы и методы. Для анализа метиломных данных были использованы выборки ГЦК TCGA, гепатоцеллюлярной аденомы из депозитария GEO (Gene Expression Omnibus), а также клеток периферической крови и тканей здоровых доноров Methbank. Экспериментальную валидацию уровней метилирования идентифицированного сайта проводили на пилотной выборке клинических образцов с использованием метода бисульфитного пиросеквенирования на приборе PyroMark Q24.

Результаты. На основании анализа метиломных данных нами был выбран сайт cg20275528, который характеризуется высоким уровнем метилирования в тканях ГЦК и минимальными уровнями метилирования в клетках неопухолевой ткани печени, гепатоцеллюлярной аденомы и периферической крови здоровых доноров. Экспериментальная проверка на пилотной выборке клинических образцов показала, что уровень метилирования маркерного сайта в ГЦК (медиана 42 %) значительно выше, чем в неопухолевых тканях печени (медиана 3 %) и доброкачественных новообразованиях (медиана 1,5 %) и превышает пороговое значение в ГЦК по сравнению с парными образцами прилежащей неопухолевой ткани печени в 20 (66,6 %) из 30 исследованных случаев. Показана принципиальная возможность детекции метилирования cg20275528 в циркулирующей ДНК плазмы больных ГЦК.

Заключение. Полученные результаты позволяют предположить, что разработанный и апробированный в этой работе подход к поиску и экспериментальной верификации диагностически значимых маркеров может быть использован для выявления новых дифференциально метилированных сайтов и разработки новых подходов к неинвазивной диагностике ГЦК.

Ключевые слова

гепатоцеллюлярная карцинома, маркеры метилирования, септин 9, жидкостная биопсия

Об авторах

Н. Л. Лазаревич

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н. Н. Блохина» Минздрава России;
ФГБОУ ВО «Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова»

Автор, ответственный за переписку.
Email: lazarevich.nl@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-9560-1383

Наталия Леонидовна Лазаревич

Биологический факультет ФГБОУ ВО «Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова»

115478 Москва, Каширское шоссе, 24,

119991 Москва, Ленинские горы, 1, стр. 12

Россия

П. М. Абрамов

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н. Н. Блохина» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-7995-3490