Механизмы нарушения экспрессии генов р53-респонсивных микроРНК при диффузной В-крупноклеточной лимфоме

Введение. Большое значение для понимания механизмов формирования и прогрессии диффузной В-крупноклеточной лимфомы (ДВККЛ), а также ее чувствительности к лечению имеет более глубокое представление о молекулярных событиях, нарушающих функционирование сигнального пути р53. Белок р53 проявляет свою онкосупрессорную функцию и опосредует противоопухолевые эффекты лекарственных препаратов посредством регуляции транскрипции и/или созревания широкого спектра генов-мишеней, в том числе MIR-34A, MIR-34B/C, MIR-129-2 и MIR-203. В опухолевой ткани лимфом по сравнению с нормальной лимфоидной тканью показано снижение уровня кодируемых данными генами микроРНК.

Цель исследования – комплексный анализ метилирования генов р53-респонсивных микроРНК MIR-34А, MIR-34В/С, MIR-203 и MIR-129-2, а также мутаций в ДНК-связывающем домене и разрушения последовательности сигнала к полиаденилированию гена ТР53 при ДВККЛ.

Материалы и методы. Проанализированы 136 образцов ДНК, выделенной из опухолевой ткани пациентов с ДВККЛ, и 11 образцов ДНК, полученной из лимфатических узлов с реактивной В-клеточной фолликулярной гиперплазией. Определение статуса метилирования генов MIR-203 и MIR-129-2 осуществляли методом метил-специфичной полимеразной цепной реакции, генов MIR-34А и MIR-34В/С – методом метил-чувствительного анализа кривых плавления высокого разрешения. В опухолевых образцах методом полимеразной цепной реакции с полиморфизмом длин рестрикционных фрагментов выполнено генотипирование варианта нуклеотидной последовательности rs78378222, приводящего к разрушению сигнала полиаденилирования, с помощью капиллярного прямого секвенирования по Сэнгеру определена нуклеотидная последовательность района гена ТР53, кодирующего ДНК-связывающий домен.

Результаты. Выявляемое в лимфомной ткани метилирование носило опухолеспецифичный характеp. Частота анализируемых аберраций в гене ТР53 и метилирования MIR-34А, MIR-34В/С, MIR-129-2 и MIR-203 составила 21, 23, 55, 65 и 66 % соответственно. При этом метилирование анализируемых генов р53-респонсивных микроРНК и аберраций в гене ТР53 в опухолевой ткани пациентов с ДВККЛ являлись независимыми событиями с тенденцией к взаимному исключению. Вместе с тем показано, что в подавляющем большинстве образцов лимфомы метилирование генов MIR-34А, MIR-34В/С, MIR-129-2 и MIR-203 носило сочетанный характер.

Заключение. Наряду с аберрациями в ТР53, метилирование генов MIR-34А, MIR-34В/С, MIR-129-2 и MIR-203 может являться частой причиной снижения экспрессии miR-34a, miR-34b, miR-34c, miR-129 и miR-203 при ДВККЛ. Сочетанное метилирование генов MIR-203, MIR-129-2 и MIR-34B/C, а также пары MIR-34B/C и MIR-34A потенциально имеет более выраженный проопухолевый эффект за счет наличия у кодируемых ими микроРНК общих мишеней.

1. Donehower L.A., Soussi T., Korkut A. et al. Integrated analysis of TP53 gene and pathway alterations in the cancer genome atlas. Cell Rep 2019;28(5):1370–84. DOI: 10.1016/j.celrep.2019.07.001

2. Cortez M.A., Ivan C., Valdecanas D. et al. PDL1 regulation by p53 via miR-34. J Natl Cancer Inst 2016;108(1):djv303. DOI: 10.1093/jnci/djv303

3. Robles A.I., Harris C.C. Clinical outcomes and correlates of TP53 mutations and cancer. Cold Spring Harb Perspect Biol 2010;2(3):a001016. DOI: 10.1101/cshperspect.a001016

4. Lu T.X., Young K.H., Xu W., Li J.Y. TP53 dysfunction in diffuse large B-cell lymphoma. Crit Rev Oncol Hematol 2016;97:47–55. DOI: 10.1016/j.critrevonc.2015.08.006

5. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Воевода М.И., Максимов В.Н. Результаты комплексного анализа статуса гена ТР53 у больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой. Гематология и трансфузиология 2016; 61(3):138–43. DOI: 10.18821/0234-5730-2016-61-3-138-143

6. Arribas A.J., Gómez-Abad C., Sánchez-Beato M. et al. Splenic marginal zone lymphoma: comprehensive analysis of gene expression and miRNA profiling. Mod Pathol 2013;26(7):889–901. DOI: 10.1038/modpathol.2012.220

7. Craig V.J., Cogliatti S.B., Rehrauer H. et al. Epigenetic silencing of microRNA-203 dysregulates ABL1 expression and drives Helicobacter-associated gastric lymphomagenesis. Cancer Res 2011;71(10):3616–24. DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-10-3907

8. Воропаева Е.Н., Березина О.В., Чуркина М.И. и др. Аберрантная экспрессия и метилирование генов отдельных микроРНК при лимфопролиферативных заболеваниях: обзор литературы. J of Siberian Medical Sciences 2021;4:108–33. DOI: 10.31549/2542-1174-2021-4-108-133

9. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Березина О.В. и др. Метилирование генов р53-респонзивных онкосупрессорных микро РНК при гемобластозах. Сибирский онкологический журнал 2022;21(2):130–42. DOI: 10.21294/1814-4861-2022-21-2-130-142

10. Воропаева Е.Н., Поспелова Т. И., Воевода М. И. и др. Обнаружение полиморфизма rs78378222 гена ТР53 в опухолевой ткани больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой. Сибирский научный медицинский журнал 2016;36(5):20–7.

11. Asmar F., Hother C., Kulosman G. et al. Diffuse large B-cell lymphoma with combined TP53 mutation and MIR34A methylation: another “double hit” lymphoma with very poor outcome? Oncotarget 2014;5:1912–25. DOI: 10.18632/oncotarget.1877

12. Chim C.S., Wong K.Y. Epigenetic inactivation of the hsa-miR-203 in haematological malignancies. J Cell Mol Med 2011;15(12):2760–7. DOI: 10.1111/j.1582-4934.2011.01274.x

13. Wong K.Y., Kim R.L.H., Wong Y.L. et al. Epigenetic inactivation of the MIR129-2 in hematological malignancies. J Hematol Oncol 2013;6:16. DOI: 10.1186/1756-8722-6-16

14. Gao J., Aksoy B.A., Dogrusoz U. et al. Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal. Sci Signal 2013;6(269):pl1. DOI: 10.1126/scisignal.2004088

15. Jay J.J., Brouwer C. Lollipops in the clinic: information dense mutation plots for precision medicine. PLoS One 2016;11(8):e0160519. DOI: 10.1371/journal.pone.0160519

16. Piovan C., Palmieri D., Di Leva G. et al. Oncosuppressive role of p53-induced miR-205 in triple negative breast cancer. Mol Oncol 2012;6(4):458–72. DOI: 10.1016/j.molonc.2012.03.003

17. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Чуркина М.И. и др. Комплексный анализ метилирования генов р53-респонзивных микроРНК и мутаций гена ТР53 при диффузной В-крупноклеточной лимфоме. Медицинская генетика 2022;21(11):62–6. DOI: 10.25557/2073-7998.2022.11.62-66

18. Solé C., Larrea E., Di P.G. et al. miRNAs in B-cell lymphoma: molecular mechanisms and biomarker potential. Cancer Lett 2017;405:79–89. DOI: 10.1016/j.canlet.2017.07.020

19. Ивкин Д.Ю., Лисицкий Д.С., Захаров Е.А. и др. МикроРНК как перспективные диагностические и фармакологические агенты. Астраханский медицинский журнал 2015;4:8–25.