Структурные изменения гена EGFR в образцах глиобластомы как фактор прогноза и молекулярная мишень для терапии

Введение. Рецептор эпидермального фактора роста (EGFR) – трансмембранный белок семейства рецепторных тирозинкиназ, который активируется при различных видах рака (немелкоклеточном раке легкого, колоректальном раке, злокачественных опухолях головы и шеи). В глиальных опухолях головного мозга повышенный уровень экспрессии EGFR характерен для наиболее агрессивного подтипа злокачественных новообразований – глиобластомы. Частми структурными изменениями EGFR при данной патологии являются амплификация участка хромосомы, в котором расположен ген EGFR, точечные мутации, а также делеция 2–7-го экзонов гена EGFR, приводящая к образованию транскрипта EGFRvIII.
Цель исследования – определение структурных изменений гена EGFR (точечные мутации и амплификация гена EGFR, транскрипт EGFRvIII) в образцах опухоли с помощью различных методов и оценка их потенциальной клинической значимости.
Материалы и методы. В исследование включены 75 пациентов с глиомами головного мозга (из них 70 с глиобластомами) в возрасте от 34 до 78 лет (средний возраст 56 лет). Выделение ДНК и РНК проводили из свежезамороженной ткани опухоли, а также из лейкоцитов периферической крови. Мутации в гене EGFR выявляли методом секвенирования нового поколения (next generation sequencing, NGS), для определения копийности участков 7-й хромосомы проводили сравнительный анализ (норма – опухоль) частот β-аллелей (β allele frequency, BAF). Для подтверждения амплификации гена EGFR в образцах опухоли использовали полимеразную цепную реакцию в реальном времени, для обнаружения варианта EGFRvIII – полимеразную цепную реакцию с обратной транскрипцией.
Результаты. Методом NGS в образцах глиобластомы выявлены 11 (16 %) мутаций в кодирующих участках гена EGFR, амплификация гена EGFR обнаружена в 26 (37 %) случаях; в 5 образцах глиом (астроцитома, олигодендроглиома) структурные изменения гена EGFR не определены. Все случаи амплификации гена EGFR, выявленные с помощью NGS, подтверждены методом полимеразной цепной реакции в реальном времени. Для поиска транскрипта EGFRvIII исследован 31 образец РНК опухоли, в 12 из которых присутствовала амплификация EGFR. Транскрипт EGFRvIII выявлен только в образцах с амплификацией гена EGFR (в 4 (33 %) из 12 случаев). Для оценки клинической значимости структурных изменений гена сравнивали частоту их встречаемости в образцах первичной и рецидивной глиобластом.
Заключение. Метод NGS позволяет выявлять как точечные мутации, так и амплификацию гена EGFR. Амплификация данного гена в 33 % случаев ассоциирована с мутацией EGFRvIII. Не выявлено статистически значимых различий в частоте структурных изменений гена EGFR между первичными и рецидивными глиобластомами.