<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="other" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Advances in Molecular Oncology</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Advances in Molecular Oncology</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Успехи молекулярной онкологии</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">2313-805X</issn><issn publication-format="electronic">2413-3787</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">Publishing House ABV Press</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">732</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.17650/2313-805X-2024-11-4-93-101</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>RESEARCH ARTICLES</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject></subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">Clinical significance of long non-coding RNA expression in esophageal cancer depending on the phenotype of the tumor stroma</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Клиническая значимость экспрессии длинных некодирующих РНК при раке пищевода в зависимости от фенотипа опухолевой стромы</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-6132-9924</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Kovaleva</surname><given-names>O. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Ковалева</surname><given-names>О. В.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Olga Vladimirovna Kovaleva</p><p>24 Kashirskoe Shosse, Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Ольга Владимировна Ковалева</p><p>115522 Москва, Каширское шоссе, 24</p></bio><email>ovkovaleva@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-2312-5546</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Podlesnaya</surname><given-names>P. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Подлесная</surname><given-names>П. А.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>24 Kashirskoe Shosse, Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, Каширское шоссе, 24</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0009-0006-4532-8597</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Kudinova</surname><given-names>E. S.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Кудинова</surname><given-names>Е. С.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>24 Kashirskoe Shosse, Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, Каширское шоссе, 24</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-3267-4232</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Rashidova</surname><given-names>M. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Рашидова</surname><given-names>М. А.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>24 Kashirskoe Shosse, Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, Каширское шоссе, 24</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-5275-7134</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Mochalnikova</surname><given-names>V. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Мочальникова</surname><given-names>В. В.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>24 Kashirskoe Shosse, Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, Каширское шоссе, 24</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-2137-1866</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Gratchev</surname><given-names>A. N.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Грачев</surname><given-names>А. Н.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>24 Kashirskoe Shosse, Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, Каширское шоссе, 24</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology, Ministry of Health of Russia</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2024-12-15" publication-format="electronic"><day>15</day><month>12</month><year>2024</year></pub-date><volume>11</volume><issue>4</issue><issue-title xml:lang="en"/><issue-title xml:lang="ru"/><fpage>93</fpage><lpage>101</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2024-12-10"><day>10</day><month>12</month><year>2024</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2024, Kovaleva O.V., Podlesnaya P.A., Kudinova E.S., Rashidova M.A., Mochalnikova V.V., Gratchev A.N.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2024, Ковалева О.В., Подлесная П.А., Кудинова Е.С., Рашидова М.А., Мочальникова В.В., Грачев А.Н.</copyright-statement><copyright-year>2024</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Kovaleva O.V., Podlesnaya P.A., Kudinova E.S., Rashidova M.A., Mochalnikova V.V., Gratchev A.N.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Ковалева О.В., Подлесная П.А., Кудинова Е.С., Рашидова М.А., Мочальникова В.В., Грачев А.Н.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://umo.abvpress.ru/jour/article/view/732">https://umo.abvpress.ru/jour/article/view/732</self-uri><abstract xml:lang="en"><p><bold>Introduction.</bold> Esophageal squamous cell carcinoma is a dangerous oncological disease for which there are no relevant molecular-biological and biochemical markers for diagnosis, monitoring, and prognosis. Non-coding RNAs, whose aberrant expression is characteristic of many neoplasms may be promising candidate markers.<bold>Aim.</bold> To investigate the clinical significance of the expression of long non-coding RNAs (lncRNAs) SNGH18, LCAL1, IGFL2-AS1, LINC02301 and LINC01508 in esophageal squamous cell carcinoma depending on the phenotype of the tumor stroma.<bold>Materials and methods.</bold> The study included 17 patients with esophageal squamous cell carcinoma, who were examined and treated at the N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology. Gene expression levels were assessed using real-time polymerase chain reaction. Immunohistochemical analysis was conducted to evaluate the expression of CD68, CD163 and inducible nitric oxide synthase. Statistical analysis of the obtained results was performed using GraphPad Prizm v. 10. Differences in lncRNA expression between tumor samples and conditionally normal tissues were assessed using the Wilcoxon test for paired samples. Correlation analysis was carried out by calculating Spearman’s correlation coefficient. Survival analysis was conducted using Kaplan–Meier survival curves. A <italic>p</italic>-value of less than 0.05 was considered statistically significant.<bold>Results.</bold> Aberrant expression of the lncRNAs LCAL1, LINC01508 and LINC02301 was observed in tumor tissue compared to conditionally normal tissue. Specifically, the expression of LCAL1 and LINC01508 was increased in tumor tissue (<italic>p</italic> = 0,001 and <italic>p</italic> = 0,007), while the expression of lncRNA LINC02301 was decreased (<italic>p</italic> = 0,004). The expression of lncRNAs SNGH18 and IGFL2-AS1 showed no significant changes. ROC-analysis indicated that examining these lncRNA expressions is not suitable for diagnosing esophageal squamous cell carcinoma. Clinical significance analysis revealed no correlation between the studied lncRNA expressions and the clinicopathological characteristics of the disease correlation analysis of the lncRNAs SNGH18, LCAL1, IGFL2-AS1, LINC02301 and LINC01508 with the phenotype of tumor stroma macrophages demonstrated that LINC01508 was significantly and positively correlated with both the total number of macrophages (r = 0.579; <italic>p</italic> = 0.017) and the number of macrophages with cytotoxic and immunosuppressive phenotypes (r = 0.567; <italic>p</italic> = 0.004 and r = 0.496; <italic>p</italic> = 0.045, accordingly). In contrast, LCAL1 expression was inversely correlated with the number of cytotoxic macrophages (r = –0.490; <italic>p</italic> = 0.037). Prognostic analysis revealed that only lncRNA IGFL2-AS1 expression was associated with favorable prognosis in esophageal squamous cell carcinoma (hazard ratio 0.374; <italic>p</italic> = 0.039).<bold>Conclusion.</bold> Long non-coding RNAs are important regulatory elements in both normal and tumor cells, offering certain advantages for the diagnosis of oncological diseases due to their high specificity and stability in both tissues and circulating body fluids. Growing evidence from scientific research highlights the potential clinical application of lncRNA expression analysis as markers for early diagnosis and as potential therapeutic targets. In this study, we conducted a retrospective investigation and determined the clinical significance of lncRNAs SNGH18, LCAL1, IGFL2-AS1, LINC02301, LINC01508 in esophageal squamous cell carcinoma, thereby expanding our understanding of the molecular changes observed in the development of this disease.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p><bold>Введение.</bold> Плоскоклеточный рак пищевода является опасным онкологическим заболеванием, для которого нет релевантных молекулярно-биологических и биохимических маркеров диагностики, мониторинга и прогноза. Одними из перспективных маркеров могут выступать некодирующие РНК, аберрантная экспрессия которых характерна для многих новообразований.<bold>Цель исследования</bold> – изучение клинической значимости экспрессии длинных некодирующих РНК (днРНК) SNGH18, LCAL1, IGFL2-AS1, LINC02301 и LINC01508 при плоскоклеточном раке пищевода в зависимости от фенотипа опухолевой стромы. <bold>Материалы и методы</bold>. В ретроспективное исследование включены 17 пациентов с плоскоклеточным раком пищевода, проходивших обследование и лечение в Национальном медицинском исследовательском центре онкологии им. Н.Н. Блохина. Уровень экспрессии генов исследуемых днРНК оценивали с помощью полимеразной цепной реакции в реальном времени. иммуногистохимическим методом проведен анализ экспрессии CD68, CD163 и индуцибельной синтазы оксида азота. Статистический анализ полученных результатов выполняли с использованием программного решения GraphPad Prizm v. 10. Различия экспрессии днРНК между образцами опухолей и условно нормальных тканей оценивали с помощью критерия Уилкоксона для парных выборок. корреляционный анализ проводили посредством определения коэффициента ранговой корреляции Спирмена. Выживаемость анализировали путем построения кривых дожития по методу каплана–майера. Различия считались статистически значимыми при <italic>р</italic> &lt;0,05.<bold>Результаты.</bold> Выявлено, что для днРНК LCAL1, LINC01508 и LINC02301 наблюдалась аберрантная экспрессия в опухолевой ткани по сравнению с условной нормой. Так, в опухолевой ткани экспрессия LCAL1 и LINC01508 оказалась повышенной (<italic>p</italic> = 0,001 и <italic>p</italic> = 0,007), в то время как для LINC02301 наблюдалось снижение экспрессии (<italic>p</italic> = 0,004). Экспрессия днРНК SNGH18 и IGFL2-AS1 значимо не изменялась. Результаты ROC-анализа продемонстрировали, что исследование экспрессии данных днРНК не подходит для диагностики плоскоклеточного рака пищевода. Анализ клинической значимости экспрессии изучаемых днРНК показал, что этот параметр не коррелирует с клинико-морфологическими характеристиками заболевания. корреляционный анализ экспрессии днРНК SNGH18, LCAL1, IGFL2-AS1, LINC02301 и LINC01508 с фенотипом макрофагов стромы опухоли продемонстрировал, что днРНК LINC01508 значимо прямо коррелирует с содержанием как общего числа макрофагов (r = 0,579; <italic>p</italic> = 0,017), так и макрофагов цитотоксического и иммуносупрессорного фенотипов (r = 0,567; <italic>p</italic> = 0,004 и r = 0,496; <italic>p</italic> = 0,045 соответственно), а экспрессия LCAL1 обратно коррелирует с содержанием цитотоксических макрофагов (r = –0,490; <italic>p</italic> = 0,037). Анализ прогностической значимости показал, что только экспрессия днРНК IGFL2-AS1 является фактором благоприятного прогноза при плоскоклеточном раке пищевода (отношение рисков 0,374; <italic>p</italic> = 0,039).<bold>Заключение.</bold> Длинные некодирующие РНК являются важными регуляторными элементами в нормальных и опухолевых клетках и обладают определенными преимуществами при диагностике онкологических заболеваний благодаря своей высокой специфичности и стабильности как в тканях, так и в циркулирующих жидкостях организма. Все больше данных, полученных в ходе научных исследований, показывают перспективы потенциального клинического применения анализа экспрессии днРНК в качестве маркеров ранней диагностики и потенциальных терапевтических мишеней. Мы провели ретроспективное исследование и определили клиническую значимость днРНК SNGH18, LCAL1, IGFL2-AS1, LINC02301, LINC01508 при плоскоклеточном раке пищевода, что расширяет наши представления о молекулярных изменениях, наблюдаемых при развитии данного заболевания.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>esophageal squamous cell carcinoma</kwd><kwd>non-coding RNAs</kwd><kwd>lncRNA</kwd><kwd>microenvironment</kwd><kwd>macrophages</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>плоскоклеточный рак пищевода</kwd><kwd>некодирующие РНК</kwd><kwd>длинные некодирующие РНК</kwd><kwd>микроокружение</kwd><kwd>макрофаг</kwd></kwd-group><funding-group><funding-statement xml:lang="en">The research was carried out at the expense of a grant from the Russian Science Foundation (grant No. 24-15-00356, https://rscf.ru/project/24-15-00356).</funding-statement><funding-statement xml:lang="ru">Исследование выполнено за счет гранта Российского научного фонда (грант № 24-15-00356, https://rscf.ru/project/24-15-00356).</funding-statement></funding-group></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Chen J., Liu X., Zhang Z. et al. Early diagnostic markers for esophageal squamous cell carcinoma: copy number alteration gene identification and cfDNA detection. Lab Invest 2024;104(10):102127. DOI: 10.1016/j.labinv.2024.102127</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Wang C., Wang J., Chen Z. et al. Immunohistochemical prognostic markers of esophageal squamous cell carcinoma: a systematic review. Chin J Cancer 2017;36(1):65. DOI: 10.1186/s40880-017-0232-5</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>Ma K., Kalra A., Tsai H.L. et al. Accurate nonendoscopic detection of esophageal squamous cell carcinoma using methylated DNA biomarkers. Gastroenterology 2022;163(2):507–9. DOI: 10.1053/j.gastro.2022.04.021</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>Mohr A.M., Mott J.L. Overview of microRNA biology. Semin Liver Dis 2015;35(1):3–11. DOI: 10.1055/s-0034-1397344</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>Kovaleva O.V., Rashidova M.A., Samoilova D.V. et al. Immunosuppressive phenotype of esophagus tumors stroma. Anal Cell Pathol (Amst) 2020;2020:5424780. DOI: 10.1155/2020/5424780</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>Mantovani A., Allavena P., Marchesi F., Garlanda C. Macrophages as tools and targets in cancer therapy. Nat Rev Drug Discov 2022;21(11):799–820. DOI: 10.1038/s41573-022-00520-5</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>Kovaleva O.V., Podlesnaya P.A., Vasileva M.V. et al. Transcriptome of Lung Cancer Cells Resistant to the Cytotoxic Activity of Macrophages. Dokl Biochem Biophys 2022;507(1):312–7. DOI: 10.1134/S160767292205009X</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>Zhou M., Bao S., Gong T. et al. The transcriptional landscape and diagnostic potential of long non-coding RNAs in esophageal squamous cell carcinoma. Nat Commun 2023;14(1):3799. DOI: 10.1038/s41467-023-39530-1</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>Han Y., Zhao G., Shi X et al. The emerging role of long non-coding rnas in esophageal cancer: functions in tumorigenesis and clinical implications. Front Pharmacol 2022;13:885075. DOI: 10.3389/fphar.2022.885075</mixed-citation></ref><ref id="B10"><label>10.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Podlesnaya P.A., Kovaleva O.V., Petrenko A.A. et al. New long non-coding RNAs in lung cancer tumorigenesis. Molekulyarnaya meditsina = Molecular Medicine 2023;21(5):3–11. (In Russ.). DOI: 10.29296/24999490-2023-05-01</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Подлесная П.А., Ковалева О.В., Петренко А.А. и др. Новые длинные некодирующие РНК в онкогенезе рака легкого. Молекулярная медицина 2023;21(5):3–11. DOI: 10.29296/24999490-2023-05-01</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>Ouyang D., Su J., Huang P. et al. Identification of lncRNAs via microarray analysis for predicting HER2-negative breast cancer response to neoadjuvant chemotherapy. Int J Clin Expe Pathol 2018;11(5):2621–8.</mixed-citation></ref><ref id="B12"><label>12.</label><mixed-citation>Wu Z., Ouyang C., Peng L. Risk assessment model and nomogram established by differentially expressed lncRNAs for early-stage lung squamous cell carcinoma. Transl Cancer Res 2020;9(9):5304–14. DOI: 10.21037/tcr-20-999</mixed-citation></ref><ref id="B13"><label>13.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Kovaleva O.V., Podlesnaya P.A., Mochalnikova V.V. et al. Clinical significance of LINC01508 lncRNA expression in non-small cell lung cancer. Byulleten eksperimentalnoy biologii i meditsiny = Bulletin of Experimental Biology and Medicine 2024;177(4):502–5. (In Russ.). DOI: 10.47056/0365-9615-2024-177-4-502-505</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Ковалева О.В., Подлесная П.А., Мочальникова В.В. и др. Клиническая значимость экспрессии днРНК LINC01508 при немелкоклеточном раке легкого. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины 2024;177(4):502–5. DOI: 10.47056/0365-9615-2024-177-4-502-505</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B14"><label>14.</label><mixed-citation>Fan H., Yuan J., Li Y. et al. MKL1-induced lncRNA SNHG18 drives the growth and metastasis of non-small cell lung cancer via the miR-211-5p/BRD4 axis. Cell Death Dis 2021;12(1):128. DOI: 10.1038/s41419-021-03399-z</mixed-citation></ref><ref id="B15"><label>15.</label><mixed-citation>Ochoa A., Zhang J., Choi W. et al. MP72-06 The long non-coding RNA snhg18 promotes PPARγ function and “luminal” gene expression in muscle-invasive bladder cancer. J Urology 2015;193(4S):e923. DOI: 10.1016/j.juro.2015.02.2640</mixed-citation></ref><ref id="B16"><label>16.</label><mixed-citation>Cen X., Huang Y., Lu Z. et al. LncRNA IGFL2-AS1 promotes the proliferation, migration, and invasion of colon cancer cells and is associated with patient prognosis. Cancer Manag Res 2021;13:5957–68. DOI: 10.2147/CMAR.S313775</mixed-citation></ref><ref id="B17"><label>17.</label><mixed-citation>Pan Y., Lu X., Shu G. et al. Extracellular vesicle-mediated transfer of lncRNA IGFL2-AS1 confers sunitinib resistance in renal cell carcinoma. Cancer Res 2023;83(1):103–16. DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-21-3432</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
