Advances in Molecular OncologyAdvances in Molecular OncologyУспехи молекулярной онкологии2313-805X2413-3787Publishing House ABV Press75710.17650/2313-805X-2025-12-1-53-60RESEARCH ARTICLESЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИCNA landscape of HER2-negative breast cancer during administration of taxane-containing schemes of neoadjuvant chemotherapyCNA-ландшафт HER2-негативного рака молочной железы при применении таксансодержащих схем неоадъювантной химиотерапииhttps://orcid.org/0000-0001-8815-2786IbragimovaM. K.ИбрагимоваМ. К.
Russian Federation

Marina Konstantinovna Ibragimova 

5 Kooperativny Line, Tomsk 634009, Russia;

36 Lenin Prospekt, Tomsk 634050, Russia;

2 Moskovsky Trakt, Tomsk 634050, Russia 

Марина Константиновна Ибрагимова

Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5;

Россия, 634050 Томск, пр-кт Ленина, 36;

Россия, 634050 Томск, Московский тракт, 2

imk1805@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-9022-7764KravtsovaE. A.КравцоваЕ. А.
Russian Federation

5 Kooperativny Line, Tomsk 634009, Russia;

36 Lenin Prospekt, Tomsk 634050, Russia

Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5;

Россия, 634050 Томск, пр-кт Ленина, 36

https://orcid.org/0000-0001-7419-4512TsyganovM. M.ЦыгановМ. М.
Russian Federation

5 Kooperativny Line, Tomsk 634009, Russia;

2 Moskovsky Trakt, Tomsk 634050, Russia 

Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5;

Россия, 634050 Томск, Московский тракт, 2

https://orcid.org/0000-0002-0714-8927LitviakovN. V.ЛитвяковН. В.
Russian Federation

5 Kooperativny Line, Tomsk 634009, Russia;

36 Lenin Prospekt, Tomsk 634050, Russia;

2 Moskovsky Trakt, Tomsk 634050, Russia 

Bld. 2, 7 Pereulok Chekist, Seversk 636013, Russia 

Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5;

Россия, 634050 Томск, пр-кт Ленина, 36;

Россия, 634050 Томск, Московский тракт, 2;

Россия, 636013 Северск, пер. Чекист, 7, корп. 2 

Cancer Research Institute, Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of SciencesНаучно-исследовательский институт онкологии ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук»National Research Tomsk State UniversityФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»Siberian State Medical University, Ministry of Health of RussiaФГБОУ ВО «Сибирский государственный медицинский университет» Минздрава РоссииSeversk Biophysical Research Center of the Federal Medical and Biological Agency of RussiaФГБУН «Северский биофизический научный центр» Федерального медико-биологического агентства России1501202512153601404202514042025Copyright ©; 2025, Ibragimova M.K., Kravtsova E.A., Tsyganov M.M., Litviakov N.V.Copyright ©; 2025, Ибрагимова М.К., Кравцова Е.А., Цыганов М.М., Литвяков Н.В.2025Ibragimova M.K., Kravtsova E.A., Tsyganov M.M., Litviakov N.V.Ибрагимова М.К., Кравцова Е.А., Цыганов М.М., Литвяков Н.В.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://umo.abvpress.ru/jour/article/view/757

Introduction. Evaluation of when and how to include taxanes in preoperative chemotherapy is becoming more important in the era when molecular and genetic approaches allow to develop biologically targeted therapeutic medications and select patients who can benefit from certain cytotoxic agents.Aim. To analyze the use of CNA genetic landscape (CNA – copy number aberration) luminal B HER2-negative (HER2 – human epidermal growth factor receptor type 2) breast cancer during taxane-containing neoadjuvant chemotherapy (NCT) for identification of the groups of potential CNA markers of objective response to treatment and CNA markers of prognosis of hematogenous metastases.Materials and methods. The study included 28 patients with luminal B HER2-negative breast cancer T1–4N0–3M0 stage IIA–IIIB aged 24–67 years (mean age 44.6 ± 0.3 years). In neoadjuvant regimen, the patients received 4–8 courses of chemotherapy per the ACT, AT schemes and taxotere as monotherapy. As study samples, paired tumor biopsies taken prior to treatment under ultrasound control and operative material after neoadjuvant therapy were used. Micromatrix analysis was performed using high density DNA CytoScanTM HD Array (Affymetrix, uSA). The results were processed using Chromosome Analysis Suite 4.0 (Affymetrix, uSA) software. Statistical data processing was performed in Statistica 8.0 (StatSoft Inc., uSA) software.Results. Objective response was observed in the absence of amplification in the 20q11.22 (р = 0.003) region and presence of amplifications in the 16p13.2 (р = 0.027) locus in the tumor prior to treatment. After NCT, hematogenous metastases developed in the tumor in the presence of a small number of amplifications in the 20q13.33 (р = 0.002) locus.Conclusion. Potential predictive CNA markers of objective response to treatment and prognostic CNA markers of hematogenous metastases during administration of taxane-containing schemes of neoadjuvant chemotherapy were identified.

Введение. Оценка того, как и когда включать таксаны в предоперационную химиотерапию, становится более актуальной в эпоху, когда молекулярно-генетический подход не только позволяет разрабатывать биологически направленные терапевтические средства, но и предполагает возможность выбора пациентов, которым будут полезны определенные цитотоксические агенты.Цель исследования – анализ изменения CNA-генетического ландшафта (CNA – copy number aberration, аберрации числа копий) опухоли молочной железы люминального В HER2-отрицательного (HER2 – рецептор эпидермального фактора роста 2-го типа) подтипа под действием таксансодержащих схем неоадъювантной химиотерапии (НХТ) для выявления групп потенциальных CNA-маркеров объективного ответа на лечение и CNA-маркеров прогнозирования возникновения гематогенного метастазирования.Материалы и методы. В исследование включены 28 больных раком молочной железы T1–4N0–3M0 IIA–IIIB стадии люминального В HER2-негативного подтипа в возрасте 24–67 лет (средний возраст 44,6 ± 0,3 года). В неоадъювантном режиме пациенты получали 4–8 курсов химиотерапии по схемам ACT, AT и таксотер в монорежиме. В качестве исследуемого материала использованы парные биопсийные опухолевые образцы, взятые до лечения под контролем ультразвукового исследования, а также операционный материал после неоадъювантной химиотерапии для каждого пациента. Микроматричный анализ проводили на микроматрицах (ДНк-чипах) высокой плотности CytoScanTM HD Array (Affymetrix, США). Для обработки результатов использовали программу Chromosome Analysis Suite 4.0 (Affymetrix, США). Статистическую обработку данных проводили с использованием пакета прикладных программ Statistica 8.0 (StatSoft Inc., США).Результаты. Наличие объективного ответа наблюдалось при отсутствии в опухоли амплификаций в регионе 20q11.22 (р = 0,003) и при наличии амплификаций в локусе 16p13.2 (р = 0,027) в опухоли до лечения. В опухоли после НХТ возникновение гематогенного метастазирования наблюдалось при большем количестве амплификаций в локусе 20q13.33 (р = 0,002).Заключение. Выявлены потенциальные предиктивные CNA-маркеры объективного ответа на лечение и прогностические CNA-маркеры возникновения гематогенного метастазирования при применении таксансодержащих схем неоадъювантной химиотерапии.

breast cancertumor CNA landscapetaxane-containing schemeneoadjuvant chemotherapycopy number aberrationoutcome predictionрак молочной железыCNA-ландшафт опухолитаксансодержащая схеманеоадъювантная химиотерапияаберрация числа копийпрогнозирование исходаThe work was carried out with the financial support of the Russian Science Foundation (grant No. 22-25-00499).Работа выполнена при финансовой поддержке Российского научного фонда (грант № 22-25-00499).Rašić A., Sofić A., Bešlija S. et al. Effects of adding taxane to anthracycline-based neoadjuvant chemotherapy in locally advanced breast cancer. Med Glas (Zenica) 2019;16(1):1–6. DOI: 10.17392/964-19Lai J.-I., Chao T.-C., Liu C.-Y. et al. A systemic review of taxanes and their side effects in metastatic breast cancer. Front Oncol 2022;12:940239. DOI: 10.3389/fonc.2022.940239Earl H.M., Vallier A.L., Hiller L. et al. Effects of the addition of gemcitabine, and paclitaxel-first sequencing, in neoadjuvant sequential epirubicin, cyclophosphamide, and paclitaxel for women with high-risk early breast cancer (Neo-tAnGo): an open-label, 2x2 factorial randomised phase 3 trial. Lancet Oncol 2014;15(2):201–12. DOI: 10.1016/S1470-2045(13)70554-0Orsaria P., Grasso A., Ippolito E. et al. Clinical outcomes among major breast cancer subtypes after neoadjuvant chemotherapy: impact on breast cancer recurrence and survival. Anticancer Res 2021;41(5):2697–709. DOI: 10.21873/anticanres.15051Maloney S.M., Hoover C.A., Morejon-Lasso L.V. et al. Mechanisms of taxane resistance. Cancers 2020;12(11):3323. DOI: 10.3390/cancers12113323Das T., Anand U., Pandey S.K. et al. Therapeutic strategies to overcome taxane resistance in cancer. Drug Resistance Updates 2021;55:100754. DOI: 10.1016/j.drup.2021.100754Jivani A., Shinde R.K. A comprehensive review of taxane treatment in breast cancer: clinical perspectives and toxicity profiles. Cureus 2024;16(4):e59266. DOI: 10.7759/cureus.59266Cardoso F., Senkus E., Costa A. et al. 4th ESO–ESMO international consensus guidelines for advanced breast cancer (ABC 4). Ann Oncol 2018;29(8):1634–57. DOI: 10.1093/annonc/mdy192Korde L.A., Somerfield M.R., Carey L.A. et al. Neoadjuvant chemotherapy, endocrine therapy, and targeted therapy for breast cancer: ASCO guideline. J Clin Oncol 2021;39(13):1485–505. DOI: 10.1200/JCO.20.03399Sparano J.A., Gray R.J., Makower D.F. et al. Adjuvant chemotherapy guided by a 21-gene expression assay in breast cancer. N Engl J Med 2018;379:111–21. DOI: 10.1056/nejmoa1804710Chang J.C., Makris A., Gutierrez M.C. et al. Gene expression patterns in formalin-fixed, paraffin-embedded core biopsies predict docetaxel chemosensitivity in breast cancer patients. Br Cancer Res Treat 2008;108(2):233–40. DOI: 10.1007/s10549-007-9590-zSoran A., Bhargava R., Johnson R. et al. The impact of Oncotype DX(R) recurrence score of paraffin-embedded core biopsy tissues in predicting response to neoadjuvant chemotherapy in women with breast cancer. Breast Dis 2016;36:65–71. DOI: 10.3233/bd-150199Tesch M.E., Chia S.K., Simmons C.E. et al. Impact of sequence order of anthracyclines and taxanes in neoadjuvant chemotherapy on pathologic complete response rate in HER2-negative breast cancer patients. Breast Cancer Res Treat 2021;187(1):167–76. DOI: 10.1007/s10549-021-06110-0Tyulyandin S.A., Artamonova E.V., Zhigulev A.N. et al. Practical recommendations for drug treatment of breast cancer. Zlokachestvennye opuholi = Malignant Tumors 2023;13(3s2-1): 157–200. (In Russ.). DOI: 10.18027/2224-5057-2023-13-3s2-1-157-200Тюляндин С.А., Артамонова Е.В., Жигулев А.Н. и др. Практические рекомендации по лекарственному лечению рака молочной железы. Злокачественные опухоли 2023;13(3s2-1):157–200. DOI: 10.18027/2224-5057-2023-13-3s2-1-157-200Jia G., Ping J., Shu X. et al. Genome- and transcriptome-wide association studies of 386,000 Asian and European-ancestry women provide new insights into breast cancer genetics. AJHG 2022;109(12):2185–95. DOI: 10.1016/j.ajhg.2022.10.011Shao Z., Ma X., Zhang Y. et al. CPNE1 predicts poor prognosis and promotes tumorigenesis and radioresistance via the AKT singling pathway in triple-negative breast cancer. Mol Carcinog 2020;59(5):533–44. DOI: 10.1002/mc.23177Sheng G., Li F., Jin W., Wang K. Pan-caner analysis identifies PSMA7 as a targets for amplification at 20q13.33 in tumorigenesis. Sci Rep 2024;14:3034. DOI: 10.1038/s41598-024-53585-0Padmanabhan A., Vuong S.A., Hochstrasser M. Assembly of an evolutionarily conserved alternative proteasome isoform in human cells. Cell Rep 2016;14(12):2962–74. DOI: 10.1016/j.celrep.2016.02.068Xiao Y., Zhang S.J., Yan X. et al. MiR-466 as a poor prognostic predictor suppresses cell proliferation and EMT in breast cancer cells by targeting PSMA7. Eur Rev Med Pharmacol Sci 2022;26(11):3799. DOI: 10.26355/eurrev_202206_28946