Идентификация маркеров аденокарциномы желудка на основе биоинформатического поиска и анализа генной экспрессии

Обложка

Цитировать

Полный текст

Об авторах

В. В. Волкоморов

Научно-исследовательский институт онкологии ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН»

ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»

Автор, ответственный за переписку.
Email: v.volkomorov@gmail.com

Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5

Россия, 634050 Томск, пр. Ленина, 36

Россия

Е. С. Григорьева

Научно-исследовательский институт онкологии ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН»

ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»

Email: fake@neicon.ru

Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5

Россия, 634050 Томск, пр. Ленина, 36

Россия

Г. В. Краснов

ФГБУН «Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН»

Email: fake@neicon.ru
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32 Россия

Н. В. Литвяков

Научно-исследовательский институт онкологии ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН»

ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»

Email: fake@neicon.ru

Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5

Россия, 634050 Томск, пр. Ленина, 36

Россия

Н. А. Лисицын

ФГБУН «Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН»

Email: fake@neicon.ru
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32 Россия

М. И. Воевода

ФГБНУ «Научно-исследовательский институт терапии и профилактической медицины»

Email: fake@neicon.ru
Россия, 630089 Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1 Россия

А. В. Белковец

ФГБНУ «Научно-исследовательский институт терапии и профилактической медицины»

Email: fake@neicon.ru
Россия, 630089 Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1 Россия

С. Г. Афанасьев

Научно-исследовательский институт онкологии ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН»

Email: fake@neicon.ru
Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5 Россия

Н. В. Чердынцева

Научно-исследовательский институт онкологии ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН»

ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»

Email: fake@neicon.ru

Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5

Россия, 634050 Томск, пр. Ленина, 36

Россия

Список литературы

  1. Diamandis E.P. Towards identification of true cancer biomarkers. BMC Med 2014;12(1):156.
  2. Hu Y., He K., Wang D. et al. TMEPAI regulates EMT in lung cancer cells by modulating the ROS and IRS-1 signaling pathways. Carcinogenesis 2013;34(8):1764–72.
  3. Jeung H.C., Rha S.Y., Im C.K. et al. A randomized phase 2 study of docetaxel and S-1 versus docetaxel and cisplatin in advanced gastric cancer with an evaluation of SPARC expression for personalized. Cancer 2011;117(10): 2050–7.
  4. Ramaswamy S., Tamayo P., Rifkin R. et al. Multiclass cancer diagnosis using tumor gene expression signatures. Proc Natl Acad Sci U S A 2001;98(26):15149–54.
  5. Букурова Ю.А., Краснов Г.С., Никитина И.Г. и др. Методы поиска маркеров для сывороточной диагностики опухолей. Молекулярная биология 2013;47(1):3–11. [Bukurova Yu.A., Krasnov G.S., Nikitina I.G. et al. Serological diagnosis of tumors: methods of marker's search. Molekulyarnaya biologiya = Molecular Biology 2013;47(1):3–11. (In Russ.)].
  6. Kulasingam V., Diamandis E.P. Strategies for discovering novel cancer biomarkers through utilization of emerging technologies. Nat Clin Pract Oncol 2008;5(10):588–99.
  7. Kropotova E.S., Zinov’eva O.L., Zyrianova A.F. et al. Expression of genes involved in retinoic acid biosynthesis in human gastric cancer. Mol Biol 2013;47(2):280–92.
  8. Никитина И.Г., Сабирова Е.Ю., Солопова О.Н. и др. Новый формат иммуно-ПЦР для сывороточной диагностики рака толстой кишки. Молекулярная биология 2014;48(1):117–23. [Nikitina I.G., Sabirova E.Yu., Solopova O.N. et al. A new immuno-PCR format for serological diagnosis of colon cancer. Molekulyarnaya biologiya = Molecular Biology 2014;48(1):117–23. (In Russ.)].
  9. Maconi G., Manes G., Porro G.B. Role of symptoms in diagnosis and outcome of gastric cancer. World J Gastroenterol 2008;14(8):1149–55.
  10. Watanabe Y., Itoh S., Goto T. et al. TMEPAI, a transmembrane TGF-betainducible protein, sequesters Smad proteins from active participation in TGF-beta signaling. Mol Cell 2010;37(1):123–34.
  11. Anders S., Huber W. Differential expression analysis for sequence count data. Genome Biol 2010;11(10): R106.
  12. Bullard J.H., Purdom E., Hansen K.D., Dudoit S. Evaluation of statistical methods for normalization and differential expression in mRNA-Seq experiments. BMC Bioinformatics 2010;11:94.
  13. Benjamini Y., Hochberg Y. Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. J Royal Statistic Society, Series B: Methodol 1995;57:289–300.
  14. Volkomorov V., Grigoryeva E., Krasnov G. et al. Search for potential gastric cancer markers using miRNA databases and their gene expression analysis. Exp Oncol 2013; 35(1):1–6.
  15. Rajkumar T., Vijayalakshmi N., Gopal G. et al. Identification and validation of genes involved in gastric tumorigenesis. Cancer Cell Int 2010;10:45.
  16. Sharad S., Ravindranath L., Haffner M.C. et al. Methylation of the PMEPA1 gene, a negative regulator of the androgen receptor in prostate cancer. Epigenetics 2014;9(6):918–27.
  17. Lamouille S., Xu J., Derynck R. Molecular mechanisms of epithelialmesenchymal transition. Nat Rev Mol Cell Biol 2014;15(3):178–96.
  18. Arvelo F., Sojo F., Cotte C. Tumour progression and metastasis. Ecancermedicalscience 2016;10:617.
  19. Sato T., Oshima T., Yamamoto N. et al. Clinical significance of SPARC gene expression in patients with gastric cancer. J Surg Oncol 2013;108(6):364–8.
  20. Yin J., Chen G., Liu Y. et al. Downregulation of SPARC expression decreases gastric cancer cellular invasion and survival. J Exp Clin Cancer Res 2010;29:59.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Волкоморов В.В., Григорьева Е.С., Краснов Г.В., Литвяков Н.В., Лисицын Н.А., Воевода М.И., Белковец А.В., Афанасьев С.Г., Чердынцева Н.В., 2017

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 57560 от  08.04.2014.