Идентификация маркеров аденокарциномы желудка на основе биоинформатического поиска и анализа генной экспрессии

Обложка

Цитировать

Полный текст

Об авторах

В. В. Волкоморов

Научно-исследовательский институт онкологии ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН»

ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»

Автор, ответственный за переписку.
Email: v.volkomorov@gmail.com

Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5

Россия, 634050 Томск, пр. Ленина, 36

Россия

Е. С. Григорьева

Научно-исследовательский институт онкологии ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН»

ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»

Email: fake@neicon.ru

Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5

Россия, 634050 Томск, пр. Ленина, 36

Россия

Г. В. Краснов

ФГБУН «Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН»

Email: fake@neicon.ru
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32 Россия

Н. В. Литвяков

Научно-исследовательский институт онкологии ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН»

ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»

Email: fake@neicon.ru

Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5

Россия, 634050 Томск, пр. Ленина, 36

Россия

Н. А. Лисицын

ФГБУН «Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН»

Email: fake@neicon.ru
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32 Россия

М. И. Воевода

ФГБНУ «Научно-исследовательский институт терапии и профилактической медицины»

Email: fake@neicon.ru
Россия, 630089 Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1 Россия

А. В. Белковец

ФГБНУ «Научно-исследовательский институт терапии и профилактической медицины»

Email: fake@neicon.ru
Россия, 630089 Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1 Россия

С. Г. Афанасьев

Научно-исследовательский институт онкологии ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН»

Email: fake@neicon.ru
Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5 Россия

Н. В. Чердынцева

Научно-исследовательский институт онкологии ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН»

ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»

Email: fake@neicon.ru

Россия, 634009 Томск, пер. Кооперативный, 5

Россия, 634050 Томск, пр. Ленина, 36

Россия

Список литературы

  1. Diamandis E.P. Towards identification of true cancer biomarkers. BMC Med 2014;12(1):156.
  2. Hu Y., He K., Wang D. et al. TMEPAI regulates EMT in lung cancer cells by modulating the ROS and IRS-1 signaling pathways. Carcinogenesis 2013;34(8):1764–72.
  3. Jeung H.C., Rha S.Y., Im C.K. et al. A randomized phase 2 study of docetaxel and S-1 versus docetaxel and cisplatin in advanced gastric cancer with an evaluation of SPARC expression for personalized. Cancer 2011;117(10): 2050–7.
  4. Ramaswamy S., Tamayo P., Rifkin R. et al. Multiclass cancer diagnosis using tumor gene expression signatures. Proc Natl Acad Sci U S A 2001;98(26):15149–54.
  5. Букурова Ю.А., Краснов Г.С., Никитина И.Г. и др. Методы поиска маркеров для сывороточной диагностики опухолей. Молекулярная биология 2013;47(1):3–11. [Bukurova Yu.A., Krasnov G.S., Nikitina I.G. et al. Serological diagnosis of tumors: methods of marker's search. Molekulyarnaya biologiya = Molecular Biology 2013;47(1):3–11. (In Russ.)].
  6. Kulasingam V., Diamandis E.P. Strategies for discovering novel cancer biomarkers through utilization of emerging technologies. Nat Clin Pract Oncol 2008;5(10):588–99.
  7. Kropotova E.S., Zinov’eva O.L., Zyrianova A.F. et al. Expression of genes involved in retinoic acid biosynthesis in human gastric cancer. Mol Biol 2013;47(2):280–92.
  8. Никитина И.Г., Сабирова Е.Ю., Солопова О.Н. и др. Новый формат иммуно-ПЦР для сывороточной диагностики рака толстой кишки. Молекулярная биология 2014;48(1):117–23. [Nikitina I.G., Sabirova E.Yu., Solopova O.N. et al. A new immuno-PCR format for serological diagnosis of colon cancer. Molekulyarnaya biologiya = Molecular Biology 2014;48(1):117–23. (In Russ.)].
  9. Maconi G., Manes G., Porro G.B. Role of symptoms in diagnosis and outcome of gastric cancer. World J Gastroenterol 2008;14(8):1149–55.
  10. Watanabe Y., Itoh S., Goto T. et al. TMEPAI, a transmembrane TGF-betainducible protein, sequesters Smad proteins from active participation in TGF-beta signaling. Mol Cell 2010;37(1):123–34.
  11. Anders S., Huber W. Differential expression analysis for sequence count data. Genome Biol 2010;11(10): R106.
  12. Bullard J.H., Purdom E., Hansen K.D., Dudoit S. Evaluation of statistical methods for normalization and differential expression in mRNA-Seq experiments. BMC Bioinformatics 2010;11:94.
  13. Benjamini Y., Hochberg Y. Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. J Royal Statistic Society, Series B: Methodol 1995;57:289–300.
  14. Volkomorov V., Grigoryeva E., Krasnov G. et al. Search for potential gastric cancer markers using miRNA databases and their gene expression analysis. Exp Oncol 2013; 35(1):1–6.
  15. Rajkumar T., Vijayalakshmi N., Gopal G. et al. Identification and validation of genes involved in gastric tumorigenesis. Cancer Cell Int 2010;10:45.
  16. Sharad S., Ravindranath L., Haffner M.C. et al. Methylation of the PMEPA1 gene, a negative regulator of the androgen receptor in prostate cancer. Epigenetics 2014;9(6):918–27.
  17. Lamouille S., Xu J., Derynck R. Molecular mechanisms of epithelialmesenchymal transition. Nat Rev Mol Cell Biol 2014;15(3):178–96.
  18. Arvelo F., Sojo F., Cotte C. Tumour progression and metastasis. Ecancermedicalscience 2016;10:617.
  19. Sato T., Oshima T., Yamamoto N. et al. Clinical significance of SPARC gene expression in patients with gastric cancer. J Surg Oncol 2013;108(6):364–8.
  20. Yin J., Chen G., Liu Y. et al. Downregulation of SPARC expression decreases gastric cancer cellular invasion and survival. J Exp Clin Cancer Res 2010;29:59.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ,


СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 57560 от  08.04.2014.