Таргетная жидкостная биопсия посредством «обогащенной» полимеразной цепной реакции и анализа плавления ДНК

Обложка

Цитировать

Полный текст

Об авторах

И. В. Ботезату

НИИ канцерогенеза ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-0297-4963
115478 Москва, Каширское шоссе, 24 Россия

И. О. Панчук

НИИ канцерогенеза ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-1323-8638
115478 Москва, Каширское шоссе, 24 Россия

А. А. Коломейцева

НИИ клинической онкологии ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-6762-9511
115478 Москва, Каширское шоссе, 24 Россия

А. А. Феденко

НИИ клинической онкологии ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0003-4927-5585
115478 Москва, Каширское шоссе, 24 Россия

Н. Н. Мазуренко

НИИ канцерогенеза ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
115478 Москва, Каширское шоссе, 24 Россия

И. В. Цыганова

НИИ канцерогенеза ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
115478 Москва, Каширское шоссе, 24 Россия

О. Ю. Сусова

НИИ канцерогенеза ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
115478 Москва, Каширское шоссе, 24 Россия

В. Н. Кондратова

НИИ канцерогенеза ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0003-0614-8789
115478 Москва, Каширское шоссе, 24 Россия

В. П. Шелепов

НИИ канцерогенеза ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-9837-7273
115478 Москва, Каширское шоссе, 24 Россия

А. В. Лихтенштейн

НИИ канцерогенеза ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России

Автор, ответственный за переписку.
Email: alicht@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-0190-5069
115478 Москва, Каширское шоссе, 24 Россия

Список литературы

  1. Adalsteinsson V.A., Ha G., Freeman S.S. et al. Scalable whole-exome sequencing of cell-free DNA reveals high concordance with metastatic tumors. Nat Commun 2017;8(1):1324. doi: 10.1038/s41467-017-00965-y. PMID: 29109393.
  2. Chaudhuri A.A., Chabon J.J., Lovejoy A.F. et al. Early detection of molecular residual disease in localized lung cancer by circulating tumor DNA profiling. Cancer Discov 2017;7(12):1394–403. doi: 10.1158/2159-8290.CD-17-0716. PMID: 28899864.
  3. Comino-Mendez I., Turner N. Predicting relapse with circulating tumor DNA analysis in lung cancer. Cancer Discov 2017;7(12):1368–70. doi: 10.1158/2159-8290.CD-17-1086. PMID: 29208774.
  4. Goodall J., Mateo J., Yuan W. et al. Circulating cell-free DNA to guide prostate cancer treatment with PARP inhibition. Cancer Discov 2017;7(9):1006–17. doi: 10.1158/2159-8290.CD-17-0261. PMID: 28450425.
  5. Kato S., Krishnamurthy N., Banks K.C. et al. Utility of genomic analysis in circulating tumor DNA from patients with carcinoma of unknown primary. Cancer Res 2017;77(16):4238–46. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-17-0628. PMID: 28642281.
  6. Kis O., Kaedbey R., Chow S. et al. Circulating tumour DNA sequence analysis as an alternative to multiple myeloma bone marrow aspirates. Nat Commun 2017;8:15086. doi: 10.1038/ncomms15086. PMID: 28492226.
  7. Quigley D., Alumkal J.J., Wyatt A.W. et al. Analysis of circulating cell-free DNA identifies multiclonal heterogeneity of BRCA2 reversion mutations associated with resistance to PARP inhibitors. Cancer Discov 2017;7:999–1005. doi: 10.1158/2159-8290.CD-17-0146. PMID: 28450426.
  8. Wan J.C.M., Massie C., Garcia-Corbacho J. et al. Liquid biopsies come of age: towards implementation of circulating tumour DNA. Nat Rev Cancer 2017;17(4):223–38. doi: 10.1038/nrc.2017.7. PMID: 28233803.
  9. Tie J., Wang Y., Tomasetti C. et al. Circulating tumor DNA analysis detects minimal residual disease and predicts recurrence in patients with stage II colon cancer. Sci Transl Med 2016;8(346):346ra92. doi: 10.1126/scitranslmed.aaf6219. PMID: 27384348.
  10. Narayan A., Carriero N.J., Gettinger S.N. et al. Ultrasensitive measurement of hotspot mutations in tumor DNA in blood using error-suppressed multiplexed deep sequencing. Cancer Res 2012;72(14):3492–8. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-11-4037. PMID: 22581825.
  11. Ponomaryova A.A., Cherdyntseva N.V., Bondar A.A. et al. Dynamics of line-1 retrotransposon methylation levels in circulating DNA from lung cancer patients undergoing antitumor therapy. Mol Biol(Mosk) 2017;51(4):622–8. doi: 10.7868/S0026898417040140. PMID: 28900080.
  12. Garcia-Fernandez N., Macher H.C., Rubio A. et al. Detection of p53 mutations in circulating DNA of transplanted hepatocellular carcinoma patients as a biomarker of tumor recurrence. Adv Exp Med Biol 2016;924:25–8. doi: 10.1007/978-3-319-42044-8_5. PMID: 27753013.
  13. Gonzalez-Cao M., Mayo-de-LasCasas C., Molina-Vila M.A. et al. BRAF mutation analysis in circulating free tumor DNA of melanoma patients treated with BRAF inhibitors. Melanoma Res 2015;25(6):486–95. doi: 10.1097/CMR.0000000000000187. PMID: 26366702.
  14. Karachaliou N., Mayo-de las Casas C., Queralt C. et al. Association of EGFR L858R mutation in circulating free DNA with survival in the EURTAC trial. JAMA Oncol 2015;1(2):149–57. doi: 10.1001/jamaoncol.2014.257. PMID: 26181014.
  15. Thierry A.R., Mouliere F., El Messaoudi S. et al. Clinical validation of the detection of KRAS and BRAF mutations from circulating tumor DNA. Nat Med 2014;20(4):430–5. doi: 10.1038/nm.3511. PMID: 24658074.
  16. Thierry A.R. A targeted Q-PCR-based method for point mutation testing by analyzing circulating DNA for cancer management care. Methods Mol Biol 2016;1392:1–16. doi: 10.1007/978-1-4939-3360-0_1. PMID: 26843041.
  17. Xu R.H., Wei W., Krawczyk M. et al. Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma. Nat Mater 2017;16(11):1155–61. doi: 10.1038/nmat4997. PMID: 29035356.
  18. Bryzgunova O.E., Laktionov P.P. Current methods of extracellular DNA methylation analysis. Mol Biol (Mosk) 2017;51(2): 195–214. doi: 10.7868/S0026898417010074. PMID: 28537228.
  19. Huang Q., Liu Z., Liao Y. et al. Multiplex fluorescence melting curve analysis for mutation detection with dual-labeled, selfquenched probes. PLoS One 2011;6(4):e19206. doi: 10.1371/journal.pone.0019206. PMID: 21552536.
  20. Ботезату И.В., Панчук И.О., Строганова А.М. и др. Высокочувстви- тельное сканирование генных мутаций: зонды TaqMan как блокирующие аген- ты. Успехи молекулярной онкологии 2016;3(2):42–9. [Botezatu I.V., Panchuk I.O., Stroganova A.M. et al. Highly sensitive scanning of gene mutations: TaqMan probes as blocking agents. Uspekhi molekulyarnoy onkologii = Advances in Molecular Oncology 2016;3(2):42–9. (In Russ.)].
  21. Botezatu I.V., Panchuk I.O., Stroganova A.M. et al. TaqMan probes as blocking agents for enriched PCR amplification and DNA melting analysis of mutant genes. Biotechniques 2017;62(2):62–8. doi: 10.2144/000114515. PMID: 28193149.
  22. Prior I.A., Lewis P.D., Mattos C. A comprehensive survey of Ras mutations in cancer. Cancer Res 2012;72:2457–67. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-11-2612. PMID: 22589270.
  23. Mazurenko N.N., Gagarin I.M., Tsyganova I.V. et al. The frequency and spectrum of KRAS mutations in metastatic colorectal cancer. Vopr Onkol 2013;59(6):751–5. PMID: 24624786.
  24. Mouliere F., El Messaoudi S., Gongora C. et al. Circulating cell-free DNA from colorectal cancer patients may reveal high KRAS or BRAF mutation load. Transl Oncol 2013;6(3):319–28. PMID: 23730412.
  25. Mouliere F., El Messaoudi S., Pang D. et al. Multi-marker analysis of circulating cell-free DNA toward personalized medicine for colorectal cancer. Mol Oncol 2014;8(5):927–41. doi: 10.1016/j.molonc.2014.02.005. PMID: 24698732.
  26. El Messaoudi S., Mouliere F., Du M.S. et al. Circulating DNA as a strong multimarker prognostic tool for metastatic colorectal cancer patient management care. Clin Cancer Res 2016;22(12):3067–77. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-15-0297. PMID: 26847055.
  27. Schutz E., von Ahsen N. Spreadsheet software for thermodynamic melting point prediction of oligonucleotide hybridization with and without mismatches. Biotechniques 1999;27(6):1218–22, 1224. PMID: 10631501.
  28. Botezatu I.V., Nechaeva I.O., Stroganova A.M. et al. Asymmetric real-time PCR and multiplex melting curve analysis with TaqMan probes for detecting PIK3CA mutations. Data Brief 2015;5:913–7. doi: 10.1016/j.dib.2015.10.046. PMID: 26702420.
  29. Montgomery J.L., Rejali N., Wittwer C.T. The influence of nucleotide sequence and temperature on the activity of thermostable DNA polymerases. J Mol Diagn 2014;16(3):305–13. doi: 10.1016/j.jmoldx.2014.01.006. PMID: 24607271.
  30. Capon D.J., Seeburg P.H., McGrath J.P. et al. Activation of Ki-ras2 gene in human colon and lung carcinomas by two different point mutations. Nature 1983;304(5926):507–13. PMID: 6308467.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ,


СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 57560 от  08.04.2014.