Аллель-специфическая экспрессия генов при канцерогенезе

Обложка

Цитировать

Полный текст

Об авторах

О. М. Кривцова

Научно-исследовательский институт канцерогенеза ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» Минздрава России;
ФГБОУ ВО «Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова»

Email: fake@neicon.ru

115478, Москва, Каширское шоссе, 24;

биологический факультет, 119234, Москва, ул. Ленинские горы, 1, стр. 12

Россия

Н. Л. Лазаревич

Научно-исследовательский институт канцерогенеза ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» Минздрава России;
ФГБОУ ВО «Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова»

Автор, ответственный за переписку.
Email: lazarevich.nl@gmail.com

115478, Москва, Каширское шоссе, 24;

биологический факультет, 119234, Москва, ул. Ленинские горы, 1, стр. 12

Россия

Список литературы

  1. Stratton M.R., Campbell P.J., Futreal P.A. The cancer genome. Nature 2009;458(7239):719–24.
  2. 1000 Genomes Project Consortium. A map of human genome variation from populationscale sequencing. Nature 2010;467(7319):1061–73.
  3. Erichsen H.C., Chanock S.J. SNPs in cancer research and treatment. Br J Cancer 2004;90(4):747–51.
  4. MacArthur D.G., Balasubramanian S., Frankish A. et al. A systematic survey of lossof-function variants in human protein-coding genes. Science 2012;335(6070):823–8.
  5. Lee M.P. Allele-specific gene expression and epigenetic modifications and their application to understanding inheritance and cancer. Biochim Biophys Acta 2012;1819(7):739–42.
  6. Kukurba K.R., Zhang R., Li X. et al. Allelic expression of deleterious proteincoding variants across human tissues. PLoS Genet 2014;10(5):e1004304.
  7. Gaur U., Li K., Mei S., Liu G. Research progress in allele-specific expression and its regulatory mechanisms. J Appl Genet 2013;54(3):271–83.
  8. McDaniell R., Lee B.K., Song L. et al. Heritable individual-specific and allelespecific chromatin signatures in humans. Science 2010;328(5975):235–9.
  9. Tycko B. Allele-specific DNA methylation: beyond imprinting. Hum Mol Genet 2010;19(R2):R210–20.
  10. Zhang W., Edwards A., Zhu D. et al.miRNA-mediated relationships between Cis-SNP genotypes and transcript intensities in lymphocyte cell lines. PLoS One 2012;7(2):e31429.
  11. Hindorff L.A., Sethupathy P., Junkins H.A. et al. Potential etiologic and functional implications of genome-wide association loci for human diseases and traits. Proc Natl Acad Sci USA 2009;106(23): 9362–7.
  12. Rivas M.A., Pirinen M., Conrad D.F. et al. Human genomics. Effect of predicted protein-truncating genetic variants on the human transcriptome. Science 2015;348(6235):666–9.
  13. Holbrook J.A., Neu-Yilik G., Hentze M.W., Kulozik A.E. Nonsensemediated decay approaches the clinic. Nat Genet 2004;36(8):801–8.
  14. Inoue K., Khajavi M., Ohyama T. et al. Molecular mechanism for distinct neurological phenotypes conveyed by allelic truncating mutations. Nat Genet 2004;36(4):361–9.
  15. Jentarra G.M., Rice S.G., Olfers S. et al. Skewed allele-specific expression of the NF1 gene in normal subjects a possible mechanism for phenotypic variability in neurofibromatosis type 1. J Cchild Neurol 2012;27(6):695–702.
  16. Milani L., Lundmark A., Nordlund J. et al. Allele-specific gene expression patterns in primary leukemic cells reveal regulation of gene expression by CpG site methylation. Genome Res 2009;19(1):1–11.
  17. Shoemaker R., Deng J., Wang W., Zhang K. Allele-specific methylation is prevalent and is contributed by CpG-SNPs in the human genome. Genome Res 2010;20(7):883–9.
  18. Prendergast J.G., Tong P., Hay D.C. et al. A genome-wide screen in human embryonic stem cells reveals novel sites of allele-specific histone modification associated with known disease loci. Epigenetics Chromatin 2012;5(1):6.
  19. Galiatsatos P., Foulkes W.D. Familial adenomatous polyposis. Am J Gastroenterol 2006;101(2):385–98.
  20. Yan H., Dobbie Z., Gruber S.B. et al. Small changes in expression affect predisposition to tumorigenesis. Nat Genet 2002;30(1):25–6.
  21. Vasen H.F., Watson P., Mecklin J.P., Lynch H.T. New clinical criteria for hereditary nonpolyposis colorectal cancer (HNPCC, Lynch syndrome) proposed by the International Collaborative group on HNPCC. Gastroenterology 1999;116(6):1453–6.
  22. Chan T.L., Yuen S.T., Kong C.K. et al. Heritable germline epimutation of MSH2 in a family with hereditary nonpolyposis colorectal cancer. Nat Genet 2006;38(10):1178–83.
  23. Ligtenberg M.J., Kuiper R.P., Chan T.L. et al. Heritable somatic methylation and inactivation of MSH2 in families with Lynch syndrome due to deletion of the 3’ exons of TACSTD1. Nat Genet 2009;41(1):112–7.
  24. Tuch B.B., Laborde R.R., Xu X. et al. Tumor transcriptome sequencing reveals allelic expression imbalances associated with copy number alterations. PloS Оne 2010;5(2):e9317.
  25. Milani L., Gupta M., Andersen M. et al. Allelic imbalance in gene expression as a guide to cis-acting regulatory single nucleotide polymorphisms in cancer cells. Nucleic Acids Res 2007;35(5):e34.
  26. Mayba O., Gilbert H.N., Liu J. et al. MBASED: allele-specific expression detection in cancer tissues and cell lines. Genome Biol 2014;15(8):405.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ,


СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 57560 от  08.04.2014.